Чаще всего нежелательное отрицательное воздействие на флору и фауну земной поверхности, оказанное подземными работами, значительно меньше по сравнению с тем, которое оказала бы их наземная альтернатива.
Учитывая, что отрицательное влияние пропорционально занимаемой поверхности, становится ясно, что подземные железнодорожные или автотранспортные коммуникации окажут меньшее воздействие, чем их наземные аналоги. Вместе с тем, благодаря подземным инфраструктурам, транспортные средства уйдут с поверхности под землю, снижая тем самым практически полностью уровень шумовых и вибрационных помех. Кроме того, загрязненный воздух собирается в коллекторы внутри подземных сооружений, концентрируется и проходит частичную очистку перед выбросом в атмосферу.
Таким образом, количество загрязняющих выбросов в атмосферу минимизируется по сравнению выбросами транспортного потока, движущегося по наземной инфраструктуре.
С другой стороны, подземные сооружения позволяют избежать барьерного эффекта внутри животных экосистем и полностью устранить распространенный на наземных транспортных коммуникациях риск столкновения транспортных средств и животных.
И хотя, в целом, подземные сооружения благоприятны для окружающей среды, они, однако, могут оказывать на нее возможное отрицательное воздействие, в частности, на флору и фауну.
Например, возможным отрицательным последствием прокладки тоннеля в горном районе может стать то, что вместе с тоннелем в изолированные горные районы придет и человеческая деятельность, т.е. присутствие человека значительно увеличится там, где раньше его не было вовсе.
Другим отрицательным побочным эффектом, связанным с подземными сооружениями, может быть возможное воздействие на локальное гидрогеологическое равновесие. Действительно, в ходе строительства подземного сооружения может произойти понижение уровня грунтовых вод, что окажет влияние на окружающие флору и фауну.
Подземные сооружения могут сыграть роль гигантского дренажного канала в грунте или скальной породе, понижая, таким образом, уровень грунтовых вод. Такое отрицательное воздействие все-же может быть уменьшено или даже полностью нейтрализовано, если при прокладке тоннеля принимались в расчет соответствующие меры, а также путем проектирования водонепроницаемой инфраструктуры.
Хорошим примером является строительство тоннеля Groene Hart в Голландии для прокладки высокоскоростной магистрали. Магистраль должна была пересечь последний уголок природы в высоко урбанизированном регионе между Роттердамом, Гаагой и Амстердамом. Таким образом, с целью сохранения данного региона было принято решение о строительстве семикилометрового тоннеля. Других причин для строительства тоннеля, кроме защиты экологии, в данном случае не было.