通常情况下，地下结构与地面替代方案相比，可以最大程度地降低其对地面动植物的不良影响。
由于影响程度与占地面积是成正比的，很明显，地下铁路或公路要比地面铁路和公路的影响小。同时，地下设施清空了地面交通，几乎完全消除了噪声和振动的自由释放。此外，污染空气还在地下设施内部得以收集，经过集中和部分清理后再释放到大气中。
这样，与随地面设施移动的地面交通案例相比，地下结构最大程度地降低了进入大气中的污染物含量。
另一方面，地下结构避免了动物生态系统的屏障效应，完全消除了地面交通线路上常见的动物与车相撞的危险。
虽然地下结构对环境非常有利，但对环境，尤其是对动植物也有一定的不良影响。
确实如此，在多山地区建设隧道会带来一定的负面效应，由于隧道会将人类活动带入一个与世隔绝的地方，让人类涉足于罕有人烟的地方。
与地下结构有关的另一个负面影响是对局部地质水平衡的决定性影响。事实上，在建设地下结构时，会导致地下水位降低，从而影响附近的动物和植物。
地下结构在岩体内相当于一个巨大的排放设施，会降低地下水的水位。然而，如果在开挖时采取适当的措施，以及在规划时限定为防水设施，可以将这种不良影响减至最小，甚至可以完全抵消掉。
一个很好的案例是荷兰附近的高速路绿色心脏（Groene Hart）隧道的建设。由于在鹿特丹-海牙-阿姆斯特丹之间要穿过都市区的最后一个自然遗产部分，因此设计者们决定建设7公里的隧道来保护这一地区。建设该条隧道的唯一原因就是保护生态。